Οι αγώνες του Κυπέλλου Ερασιτεχνικών Ομάδων διεξάγονται, από τη 2η φάση της διοργάνωσης μέχρι και τον Τελικό Αγώνα, με το σύστημα απλών συναντήσεων αποκλεισμού.
Σε περίπτωση ισόπαλου αποτελέσματος εφαρμόζεται η διαδικασία που προβλέπεται από την διάταξη της παρ. 9 του άρθρου 20 του Κ.Α.Π. Ερασιτεχνικών Ομάδων. Η ομάδα που κληρώνεται πρώτη είναι γηπεδούχος.
Οι ομάδες που θα προκριθούν από τους αγώνες της 1ης φάσης διαχωρίζονται σε εννέα ( 9 ) ομίλους, ως εξής:
1ος όμιλος: Έβρος, Θράκη, Ξάνθη, Καβάλα, Δράμα, Σέρρες
2ος όμιλος: Χαλκιδική, Μακεδονία, Κιλκίς, Ημαθία, Πέλλα, Φλώρινα
3ος όμιλος: Κοζάνη, Καστοριά, Γρεβενά, Ήπειρος, Θεσπρωτία, Κέρκυρα
4ος όμιλος: Πιερία, Λάρισα, Τρίκαλα, Καρδίτσα, Φθιώτιδα, Θεσσαλία
Κυπελλούχος Πιερίας : Παίζουν τελικό 17/2, Πιερικός-Πύδνα Κίτρους
Κυπελλούχος Λάρισας: Παίζουν τελικό Απόλλων Λάρισας-Αχιλλέας Φαρσάλων
Κυπελλούχος Καρδίτσας: Δόξα Μητρόπολης
Κυπελλούχος Φθιώτιδας: Παίζουν τελικό 17/2, Μαρτίνο-Ολυμπιακός Λαμίας
Κυπελλούχος Θεσσαλίας(Mαγνησία): Νίκη Βόλου
Κυπελλούχος Τρικάλων: Α.Ε. Φαρκαδόνας
5ος όμιλος: Πρέβεζα, Άρτα, Αιτωλοακαρνανία, Ευρυτανία, Φωκίδα, Βοιωτία
6ος όμιλος: Λακωνία, Αρκαδία, Αργολίδα, Δυτ. Αττική, Ανατ. Αττική, Εύβοια
7ος όμιλος: Κεφαλληνία- Ιθάκη, Ζάκυνθος, Μεσσηνία, Ηλεία, Αχαία, Κορινθία
8ος όμιλος: Αθήνα, Πειραιάς, Λέσβος, Σάμος, Χίος, Δωδεκάνησα, Κυκλάδες
9ος όμιλος: Ηράκλειο, Λασίθι, Ρέθυμνο, Χανιά
Οι αγώνες του Κυπέλλου Ερασιτεχνικών Ομάδων, περιόδου 2015-2016, θα διεξαχθούν σε εφτά (7) αγωνιστικές, ως ακολούθως:
1η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ : 09-03-2016
2η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ : 16-03-2016
3η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ : 30-03-2016
4η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ : 06-04-2016
5η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ : 13-04-2016
6η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ : 20-04-2016
7η ΑΓΩΝΙΣΤΙΚΗ : 07-05-2016 Τελικός Αγώνας
